L'écorce de ce bois sacré, au un parfum très agréable, est essentiellement utilisée pour ses propriétés calmantes.

Dans la tradition amérindienne, ce sont les chamans et guérisseurs qui utilisent ce bois comme un encens dans leurs cérémonies et rituels de fumigation, car, en se consumant, le Palo santo produit une fumée qui est réputée nettoyer et purifier l'atmosphère contre les mauvais esprits, les énergies et les forces négatives et ainsi attirer la bonne augure. Le Palo Santo amène paix et harmonie à l’esprit et crée une énergie propice de prospérité et d’abondance.